Optimizing RT-PCR detection of SARS-CoV-2 for developing countries using pool testing / Optimización de la detección de SARS-CoV-2 mediante el análisis de muestras agrupadas

Abstract The global shortage of reagents and kits for nucleic acid extraction and molecular detection of SARS-CoV-2 requires new cost-effective strategies for the diagnosis of suspected COVID-19 cases, especially in countries that need to increase detection capacity. Pooled nucleic acid testing has been extensively used as a cost-effective strategy for HIV, HepB, HepC and influenza. Also, protocols dispensing of RNA extraction appears as an attractive option for detection of SARS-CoV-2. In this study, we found that pooling of 5 samples showed that CT variations were in the range of 1.0-4,5 units, with less likelihood of a false negative result. Results of the sample without nucleic acid ex-traction, was unsatisfactory, with a significant increase in CT values, and thus for risk of a false negative result. In conclusion, pooling nasopharyngeal samples with both automated and manual extraction proved reliable, and thus a potential efficient alternative for the diagnosis of suspected COVID-19 in developing countries.

Resumen La escasez mundial de reactivos para la extracción de ácidos nucleicos y la detección molecular de SARS-CoV-2 requiere de nuevas estrategias de mayor rendimiento para el diagnóstico de casos sospechosos de COVID-19, especialmente en países que necesitan aumentar su capacidad diagnóstica. La detección de ácidos nucleicos en muestras agrupadas o pool testing se ha utilizado ampliamente como una estrategia costo-efectiva para el VIH, hepatitis B, hepatitis C e influenza. Adicionalmente, los protocolos que no requieren extracción de ARN aparecen como una opción para la detección de SARS-CoV-2. En este trabajo, presentamos los resultados de una estrategia detección de SARS-CoV-2 en muestras agrupadas, que incluye diferentes métodos de extracción de ARN que puede ser una estrategia atractiva para los países en desarrollo. La agrupación de 5 muestras mostró variaciones CT en el rango de 1,0 a 4,5 unidades, con una baja probabilidad de obtener falsos negativos, a diferencias de los resultados agregando muestras agrupadas directamente en la reacción de amplificación de SARS-CoV-2. En conclusión, la agrupación de muestras nasofaríngeas, demostró ser un método confiable y, por lo tanto, una alternativa para aumentar el rendimiento en el diagnóstico de COVID-19 para países en desarrollo.

Culmina el primer ciclo de la formación de especialistas para la atención primaria y el sistema público de atención de salud: qué hacer en adelante? / Training program of specialists incorporated in the primary health care teams: at the end of the first six year cycle, which goals for the next stage?

El Programa de formación de especialistas para la atención primaria de salud y el sistema público, fue iniciado por el Ministerio de Salud de Chile en el año 2007 y se implementa en ocho facultades de Medicina. El Programa dura seis años; la mitad del período transcurre en centros de salud familiar. La primera cohorte de médicos se graduará a comienzos del año 2014. Participan 498 médicos jóvenes, estudiando en hospitales de nivel universitario y trabajando en 73 centros de salud que atienden una población de cerca de dos millones de usuarios potenciales. Actualmente hay suficiente evidencia de que las autoridades, los profesores de clínica, los residentes, las municipalidades y los evaluadores externos consideran que el Programa es necesario y efectivo. El Ministerio proporciona el financiamiento adecuado; pero todavía preocupa su estatus legal y organizacional. Las actividades se orientan a la consolidación de la gestión clínica, al fortalecimiento de las funciones de promoción y prevención en los centros de salud, al progreso en la equidad y efectividad del sistema y a la educación de los usuarios y de las comunidades. Durante la formación también se desarrolla un curso (diploma) de Salud Pública. Los objetivos de mayor alcance incluyen: la planificación de la cobertura a alcanzar durante el próximo ciclo de seis años, la definición de las condiciones deseables para ejecutar la atención primaria, y la evaluación del costo efectividad de las acciones, incluyendo el destino ulterior de los egresados.

The Training Program of specialists incorporated in the primary health care teams and in the public medical care system was started by the Ministry of Health of Chile in 2007 and is carried out in cooperation with eight Medical Faculties. The program lasts six years; half of the time is spent in primary care clinics. The fist cohort will graduate as specialists beginning of 2014. In all, 498 young physicians are now participating in the Program in 73 clinics that cover nearly 2 million potential users. It is generally agreed by all concerned – authorities, faculty, residents, municipalities, external evaluators - that the Program is necessary and effective. However, at this stage and in spite of the financial and administrative support so far provided, there is a concern regarding the legal and organizational status of the Program. Current efforts are being directed towards consolidating the clinical management of patients, strengthening promotion and prevention in the clinics, improving the equity and effectiveness of the system and educating the users and the communities. This is supported by a public health course delivered during the entire duration of the Program. Broader objectives include: planning the coverage to be attained during the next six-year cycle; defining the required type of PHC facilities, and evaluating the cost-effectiveness of the Program, including the subsequent destination of its graduates.